این هیات‌ها از سه عضو تشکیل می‌شوند و عدم حضور هر یک از آنها مانع رسیدگی بوده و جلسه هیات از رسمیت خارج می‌شود. اعضای هیات‌های حل اختلاف به ترتیب عبارتند از:

۱) نماینده سازمان امور مالیاتی

۲) یک نفر قاضی بازنشسته یا شاغل

۳) یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی یا مجامع حرفه‌ای و اصناف که ‌باید بر اساس نوع فعالیت مودی انتخاب شود.

مقرر شد با تشکیل هیات‌های حل اختلاف، مزایایی برای مودیان فراهم شود تا با نظارت و بررسی سه عضو که دو نفر از آنها خارج از سازمان امور مالیاتی هستند و فارغ از هر گونه نگاه جانبدارانه به بررسی اختلافات بپردازند، ولی در این زمینه اشکالاتی وجود دارد که هدف اصلی که همان رعایت عدالت و انصاف در امر مالیات‌ستانی است، رعایت نمی‌شود.

۱) اولین اشکال این هیات‌ها تشکیل آن در سازمان امور مالیاتی است که در اجرای تبصره ۲ ماده ۲۴۴ قانون مالیات‌های مستقیم مسوولیت تشکیل آن به‌عهده سازمان امور مالیاتی گذاشته شده است و از این بابت گاهی شاهد ارجاع هدفمند برخی پرونده‌ها به هیات‌هایی هستیم که اعضای آن از آگاهی لازم برخوردار نیستند.

۲) از دیگر اشکالات این هیات‌ها، عدم اشراف کافی قضات بند ۲ ماده ۲۴۴ قانون مالیات‌های مستقیم  به موضوعات مالی و قوانین مالیاتی و احکام صادره آن است که به دلیل وجود این اشکال در بیشتر موارد قضات با توجه ویژه به نظرات نماینده بند ۱ ماده ۲۴۴ که از سازمان امور مالیاتی انتخاب می‌شوند، اظهارنظر کرده و گاهی خود را مدافع حقوق دولت در این رابطه می‌دانند و اصل برائت را فراموش می‌کنند و به دفاعیات مودیان و نظر نمایندگان بند ۳ ماده ۲۴۴ق.م.م توجه نمی‌کنند.

۳) برای رسیدگی در هر مرحله نیاز به اطلاع‌رسانی شرایط و زمان تشکیل هیات‌ها است که سازمان در اجرای مواد ۲۰۳ تا ۲۰۹ ق.م.م با ابلاغ اوراق صادره در این رابطه اقدام به اطلاع‌رسانی به مودیان می‌کند ولی در این رابطه در بحث ابلاغ گاهی اصول ابلاغ رعایت نمی‌شود و پرونده مودیان بدون حضور آنها به هیات‌ها ارجاع و رسیدگی شده و به دلیل عدم حضور مودی به شکایت‌های آنها رسیدگی نمی‌شود.

۴)برای فصل سوم از باب پنجم قانون مالیات‌های مستقیم تاکنون ۲۴۸ حکم شامل بخشنامه، دستورالعمل، آیین‌نامه‌آرای شورای عالی مالیاتی و دیوان عدالت اداری و… صادر شده است که این تعدد و پیچیدگی تکالیف در اجرای امر رسیدگی مودیان را گمراه کرده و در برخی موارد حتی با نقص رسیدگی مواجه می‌شوند و به همه اعتراضات آنها رسیدگی نمی‌شود.

۵)در مقررات حاکم بر نحوه رسیدگی در هیات‌های حل اختلاف مالیاتی، جایگاه ویژه‌ای برای این هیات‌ها دیده شده است و حتی در بخشنامه‌هایی مثل بخشنامه شماره ۱۰۰۸۵ به دفعات تاکید کرده است که این هیات‌ها از اختیارات انحصاری و ویژه‌ای برخوردارند و می‌توانند با وجود اینکه دفاتر مودیان در اجرای بند ۳ ماده ۹۷ ق.م.م مردود اعلام شده باشد بازهم رسیدگی لازم را انجام و از این حیث اختیارات وسیعی دارند که در عمل این مهم با کیفیت مورد نظر انجام نمی‌شود.

۶)برای رسیدگی به پرونده مودیان در هیات‌های حل اختلاف مالیاتی دستورالعمل دادرسی مالیاتی به شماره ۱۱۷۳۰۰ در ۴۳ بند تنظیم و تصویب شده است که چکیده‌ای از قانون آیین دادرسی مدنی با ۵۲۹ ماده است و به دلیل همین کوچک‌سازی و تفاوت‌های زیاد گاهی موجب سردرگمی قضات مورد اشاره در بند ۲ ماده ۲۴۴ق.م.م  می‌شود و تصمیم‌گیری سخت می‌شود.

۷)یکی از راهکارهای رسیدگی به پرونده مودیان که از پیچیدگی و حجم بالای اطلاعات برخوردار است، ارجاع پرونده مطابق بند ۲۲ دادرسی مالیاتی به مجریان قرار است. یعنی فردی از یکی از اعضای یک خانواده شکایت می‌کند و قاضی پدر خانواده است و بعد برای رسیدگی به شکایت فرد مورد نظر قاضی (پدر خانواده) پرونده آن را به پسر دیگر خود واگذار می‌کند تا به شکایت رسیدگی کند. آیا این نحوه رسیدگی و رفع اختلاف می‌تواند موثر باشد؟

در این موارد پرونده مودی به یکی دیگر از پرسنل سازمان ارجاع می‌شود تا رسیدگی صورت گیرد و آن مجری قرار در یک دو راهی قرار می‌گیرد: اول اینکه اگر رای به نفع مودی صادر کند خود و همکارش را شکسته و دوم اینکه اگر انصاف به خرج نداده و رسیدگی درستی را انجام ندهد حق مودی را شکسته و زیر سوال می‌برد. در هر صورت این نحوه رسیدگی دارای اشکالات اساسی است و جالب‌تر اینکه طی دو سال گذشته با شکایت برخی مودیان و مجامع حرفه‌ای قوه قضائیه این نحوه رسیدگی را قبول نداشته و طی احکامی اجازه ارجاع پرونده مودیان به کارشناسان رسمی دادگستری را صادر کرد که با مقاومت سازمان امور مالیاتی مواجه شده است.

انصافا اگر یکی از این ارکان یعنی دادگاه رسیدگی به پرونده مودیان یا مجریان قرار از زیر نظر سازمان امور مالیاتی خارج شوند خواهیم دید چه تفاوت معناداری در حل مشکلات مودیان به‌وجود خواهد آمد.

۸) از دیگر اشکالات رسیدگی در اجرای قرار به وسیله سایر پرسنل سازمان امور مالیاتی، عدم توجه آنها به احکام صادره از سوی خود سازمان امور مالیاتی است که در ماده ۵۴ دستورالعمل ۹۸۸۸ ماده ۲۱۹ ق.م.م تصور شده است که احکام صادره برای ممیزان سازمان و مودیان لازم‌الاتباع است، ولی این مهم با تفاسیر متعدد توسط ممیزان سازمان امور مالیاتی مواجه شده و گاهی شاهد تناقض رفتار و اهداف سازمان با ممیزان آن هستیم. از آن جمله عدم توجه به رسیدگی و رعایت بخشنامه‌های صادره درخصوص اصالت معاملات مودیان در اجرای ماده ۱۷ و ۱۸ قانون مالیات بر ارزش افزوده و رسیدگی به پرونده مودیان طرف معامله با شرکت‌های به اصطلاح فاقد اعتبار هستیم. بنابراین یکی به دلیل عدم توجه به مقررات و احکام صادره و دیگری به دلیل تعدد بسیار زیاد این احکام که تقریبا تا کنون به بیش از ۲۷۰۰ بخشنامه و دستورالعمل و سایر احکام رسیده، عملا امکان رسیدگی به تمامی جوانب پرونده میسر نمی‌شود.

۹)از دیگر نکات قابل توجه در این نحوه رسیدگی و تشخیص مأخذ مشمول مالیات، برای مودیان استناد به بخشنامه‌ها و احکامی است که قبلا توسط دیوان عدالت اداری ابطال شده ولی کماکان در رسیدگی‌های سازمان امور مالیاتی و هیات‌های حل اختلاف از آنها استفاده می‌شود و به‌عنوان مثال رسیدگی در اجرای بندهای ۶ – ۸ – ۱۰ – ۱۱ و ۱۲ بخشنامه ۳۰۵۴۵ است که توسط دادنامه ۵۱۳ تا ۵۱۷ در سال ۱۳۸۹ ابطال شده است.

۱۰)و آخرین مطلب اینکه مودیان بعد از صدور رای از هیات‌های حل اختلاف تجدیدنظر در اجرای حکم ماده ۲۴۷ق.م.م، رای آنها قطعی بوده و برای ارجاع به دایره وصول و اجرائیات ارجاع می‌شوند و در این مرحله فقط ‌باید دیون خود را پرداخت کنند و بدهی آنها قطعی می‌شود. حال اگر در صدور رای مورد نظر همچنان اشکالاتی وجود داشته باشد تا زمان ارجاع پرونده به مراجع بعدی همچون شورای عالی مالیاتی و یا هیات ماده ۲۵۱ مکرر در وزارت امور اقتصادی و دارایی یا دیوان عدالت اداری، ترتیبات وصول به‌قدری سختگیرانه است که عملا فعالان اقتصادی را از ادامه فعالیت بازداشته و داشته‌ایم که بعد از ارجاع پرونده به مراجع دیگر حکم عادلانه و درستی برای مودیان صادر شده و مالیات مورد مطالبه به میزان بسیار کمی کاهش پیدا کرده است ولی حیف که دیگر مودی وجود ندارد، چرا که آن قدر توسط سازمان امور مالیاتی تحت فشارهای ناشی از وصول مالیات قطعی شده قرار می‌گیرد که ادامه فعالیت غیرممکن می‌شود.

بنابراین با این اشکالات و بسیاری از موارد دیگر که از حوصله این بحث خارج است و در جایی دیگر به آنها خواهیم پرداخت، اداره هیات‌های حل اختلاف توسط سازمان امور مالیاتی دارای اشکالات اساسی بوده و ‌باید ترتیبات رسیدگی در آنها اصلاح شود تا کارآمد شوند. در غیر این‌صورت با توجه به ماده ۲۴ قانون حقوق شهروندی مالیات مطالبه شده با عدم توجه به اصل حق‌الناس دریافت شده و دارای اشکالات شرعی است.