مشکلات رایج داروخانه‌ها با سامانه مؤدیان
1. عدم تطابق با نرم‌افزارهای داروخانه‌ای بسیاری از نرم‌افزارهای داروخانه هنوز به‌صورت کامل با سامانه مؤدیان یکپارچه نشده‌اند، یا ارسال صورتحساب الکترونیکی را ناقص انجام می‌دهند. گاهی هم باید افزونه یا ماژول جداگانه‌ای خریداری شود.
2. چالش در تفکیک فروش بیمه‌ای و آزاد برخی صورتحساب‌ها باید برای بیمه ارسال شوند و برخی برای سامانه مؤدیان. تفکیک این دو و ثبت دقیق آن در سامانه معمولاً با خطا همراه است.
3. کدینگ کالاهای سلامت داروخانه‌ها باید برای اقلام مختلف از کدهای تعیین‌شده سازمان امور مالیاتی یا سازمان غذا و دارو استفاده کنند. تطبیق این کدها با کالاهای موجود زمان‌بر و گیج‌کننده است.
4. ارسال صورتحساب نسخه‌ای و غیردقیق بعضی صورتحساب‌ها به‌دلیل عدم اتصال صحیح یا فرمت اشتباه، در سامانه رد می‌شوند. پیام‌های خطا هم معمولاً واضح نیستند.
5. مشکلات همزمانی با سامانه تی‌تک (TTAC)داروخانه‌ها علاوه بر سامانه مؤدیان، با سامانه تی‌تک هم درگیرند. گاهی تداخل این دو باعث ثبت اشتباه یا دوباره‌کاری می‌شود.
6. زمان‌بر بودن فرآیندهای ثبت با توجه به حجم تراکنش‌های روزانه، ثبت و ارسال الکترونیکی هر صورتحساب (ویژه و آزاد) به‌صورت جداگانه می‌تواند سرعت کار را پایین بیاورد.