به لحاظ مالیاتی نیز هیچ تفاوتی بین ستاد اجرايي فرمان حضرت امام (ره) و یک بنگاه خصوصی وجود ندارد و تاکنون اين ستاد و تمام واحدهاي تابعه علاوه بر پرداخت ماليات مستقیم، مالیات بر ارزش افزوده را نیز پرداخت نموده است.
به گزارش تایناک, سيد مصطفي سيد هاشمي اظهار کرد همواره اجراي قوانين مصوب مجلس شوراي اسلامي از اولويت هاي اين ستاد بوده و در مورد پرداخت ماليات نيز ما همواره پيشقدم بوده ایم و كارنامه بسيار درخشاني داريم.
وی افزود ما هیچ فعالیتی در ستاد نداریم که همانند یک بخش خصوصی مالیات آن را پرداخت نکنیم. به لحاظ مالیاتی نیز هیچ تفاوتی بین ما و یک بنگاه خصوصی وجود ندارد و تاکنون خوشبختانه اين ستاد و تمام واحدهاي تابعه علاوه بر پرداخت ماليات مستقیم، مالیات بر ارزش افزوده را نیز پرداخت نموده است که همه‌ی اسناد و مدارك پرداختها طی بررسی صورت هاي مالي حسابرسي شده توسط حسابرسان محترم گوياي اين واقعيت است.