سه مرحله براي ثبت امضاي الكترونيكي در نظر گرفته شده است:
در مرحله‌ي اول موديان را به دفاتر اسناد رسمي معرفي مي‌كنيم؛ هر كدام از اين دفاتر اسناد رسمي، يك RAهستند.
در مرحله‌ي دوم دفاتر RA را در خود اداره‌هاي مالياتي هم راه‌اندازي مي‌كنيم و
در مرحله‌ي سوم اين بخش را در مركز مياني گواهي الكترونيك در وزارت اقتصاد راه‌اندازي و سپس تمام امضاهاي الكترونيكي در آنجا ثبت مي‌شود.
.
رييس طرح جامع امور مالياتي با تاكيد بر اينكه امضاي الكترونيكي يك روش رمزگذاري امن اطلاعات است، اظهار كرد: براي هر متقاضي امضاي الكترونيكي يك الگوريتم رمزگذاري اختصاصي روي ابزار توكن (شبيه فلش‌مموري) يا كارت حافظه داده مي‌شود.
.
به گزارش شبكه اخبار اقتصادي و دارايي (شادا) به نقل از ايسنا ، نادر آريا با بيان اينكه الگوريتم اختصاصي، كليدي اختصاصي است كه به مودي داده مي‌شود، گفت: اين كليد اطلاعات را رمزگذاري مي‌كند.
.
وي افزود: يك كليد عمومي هم در اختيار مراكزي كه امضاي الكترونيك فرد را استفاده مي‌كنند، مثل سازمان امور مالياتي قرار مي‌گيرد. مودي با كليد اختصاصي خود اطلاعات را رمزگذاري و ارسال مي‌كند، در واقع يك فايل اطلاعاتي با كليد اختصاصي رمزگذاري و ارسال مي‌شود.
.
رييس طرح جامع امور مالياتي با تاكيد بر اينكه طبق قانون تجارت الكترونيكي كشور اين روش امضاي الكترونيكي به عنوان جايگزين امضا شناخته شده است، اظهار كرد: اگر فرد با كليد اختصاصي خود اطلاعات را رمزگذاري كرده باشد، سازمان دريافت‌كننده سند مثل سازمان امور مالياتي با كليد عمومي فرد كه در اختيار دارد، فايل را رمزگذاري مي‌كند.
.
آريا همچنين با تاكيد بر اينكه افراد با رمزگذاري اطلاعات از طريق كليد اختصاصي خود در واقع صحه به اطلاعات ارسال شده مي‌‌گذارد، گفت: اين كليد كاملا امن است و در صورتي كه يك تك‌بايت جابه‌جا شود، اطلاعات رمز‌گشايي نمي‌شود و كليد عمومي آن را باز نمي‌كند.
.