براساس آیین نامه اجرایی [1] مربوط به نوع دفاتر، اسناد و مدارک و روشهای نگهداری آنها ، دلیل تاثیر گذار در رد شدن دفاتر قانونی به شرح زیر می باشد:
به‌موجب ماده (۱۶) آیین‌نامه فوق تخلف صاحبان مشاغل از تکالیف مقرر در موارد زیر موجب رد دفاتر می‌باشد.
۱- درصورتی‌که دفاتر ارائه‌شده نزد مراجع ذی‌ربط به ثبت نرسیده باشد یا فاقد یک یا چند برگ باشد.
۲- عدم ثبت یک یا چند فعالیت مالی در دفاتر به‌شرط احراز.
۳- تأخیر تحریر دفاتر روزنامه بیش از ۱۵ روز و تأخیر تحریر دفتر کل زاید بر حد مجاز مندرج در این آئین‌نامه.
۴- عدم ثبت عملیات شعبه یا شعب در دفاتر مرکز طبق مقررات این آئین‌نامه.
۵- در مواردی که دفاتر مزبور به ادعای مؤدی از دسترس وی خارج شده باشد و غیر اختیاری بودن موضوع مورد تائید بالاترین مسئول اداره امور مالیاتی ذی‌ربط قرار نگیرد.
۶- عدم تطبیق مندرجات دفاتر قانونی با اطلاعات موجود در سیستم‌های ماشینی (مکانیزه- الکترونیکی)، در مورد اشخاصی که از سیستم‌های مذکور استفاده می‌نمایند.
۷- جای سفید گذاشتن بیش‌ازحد معمول در دفتر روزنامه.
۸- عدم ارائه یک یا چند جلد از دفاتر ثبت شده اعم از تحریر شده و نانویس.
۹- تغییر نرم‌افزار حسابداری مورد استفاده در طی سال مالیاتی بدون اطلاع قبلی اداره امور مالیاتی ذی‌ربط.
۱۰- تغییر روش نگهداری دفاتر، اسناد حسابداری از ماشینی (مکانیزه- الکترونیکی) به دستی و بالعکس طی سال مالیاتی یا دوره مالی.
۱۱- تحریر دفاتر به‌غیراز پول رایج کشور و زبان فارسی.
۱۲- حذف برخی از عملیات در دفاتر الکترونیکی.
تبصره: در مورد بند ۸ این ماده چنانچه سفید ماندن برای ثبت تراز افتتاحی باشد موجب رد دفاتر نخواهد بود و همچنین سفید ماندن ذیل صفحات دفتر در آخر هرروز یا هرهفته یا هرماه به شرطی که اسناد دارای شماره ردیف بوده و قسمت سفید مانده با خط بسته شود، به اعتبار دفتر خللی وارد نمی‌آورد.
هیات سه‌نفری حسابرسان موضوع بند ۳ ماده ۹۷ قانون مالیات‌های مستقیم (اصلاحیه مورخ ۲۷/۱۱/۱۳۸۰)، درصورتی‌که با توجه به دلایل توجیهی مؤدی و نحوه تحریر دفاتر و رعایت استانداردهای حسابداری و درجه اهمیت ایرادات مطروحه از سوی اداره امور مالیاتی و رعایت واقعیت امر، احراز نمایند که ایرادات مزبور به اعتبار دفاتر خللی وارد نمی‌نماید، مکلف است نظر خود را مبنی بر قبولی دفاتر و اسناد و مدارک اعلام نمایند. (ماده ۱۷)