به لحاظ مالیاتی نیز هیچ تفاوتی بین ستاد اجرایی فرمان حضرت امام (ره) و یک بنگاه خصوصی وجود ندارد و تاکنون این ستاد و تمام واحدهای تابعه علاوه بر پرداخت مالیات مستقیم، مالیات بر ارزش افزوده را نیز پرداخت نموده است.
به گزارش تایناک, سید مصطفی سید هاشمی اظهار کرد همواره اجرای قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی از اولویت های این ستاد بوده و در مورد پرداخت مالیات نیز ما همواره پیشقدم بوده ایم و کارنامه بسیار درخشانی داریم.
وی افزود ما هیچ فعالیتی در ستاد نداریم که همانند یک بخش خصوصی مالیات آن را پرداخت نکنیم. به لحاظ مالیاتی نیز هیچ تفاوتی بین ما و یک بنگاه خصوصی وجود ندارد و تاکنون خوشبختانه این ستاد و تمام واحدهای تابعه علاوه بر پرداخت مالیات مستقیم، مالیات بر ارزش افزوده را نیز پرداخت نموده است که همه‌ی اسناد و مدارک پرداختها طی بررسی صورت های مالی حسابرسی شده توسط حسابرسان محترم گویای این واقعیت است.