خط مشي سازمان امور مالياتي كشور بر تكريم موديان و رعايت حقوق اخلاقي و اجتماعي مردم استوار است. بنابراين رفتار شايسته و رعايت عدالت و انصاف درچارچوب قوانين و مقررات از مواردي است كه تاكيد فراواني بر آن شده و كليه ماموران مالياتي موظف اند در برخورد با موديان اين اصل مهم را رعايت كنند. حقوق و امتيازات موديان مالياتي که بايد توسط ماموران مالياتي رعايت شود، انواع مختلفي دارد که اشاره مختصري به بعضي از حقوق موديان مي کنيم.
موديان حق دارند ، زماني که برگ تشخيص ماليات به آنان ابلاغ مي گردد ، جهت اطلاع از جزئيات گزارشي كه مبناي صدور برگ تشخيص قرار گرفته ، به استناد ماده ۲۳۷ قانون ماليات‌هاي مستقيم، کتباً استعلام نمايند ، و ماموران مالياتي مكلفند جزئيات گزارشي را كه مبناي صدور برگ تشخيص قرار گرفته است، به آنان اعلام و هر گونه توضيحي را كه در اين خصوص بخواهند به موديان و يا وكيل تام‌الاختيار آنان بدهند.
همچنين موديان حق دارند ، اگر چنانچه با بررسي جزئيات گزارش مبناي صدور برگ تشخيص و انطباق آن با قوانين، مقررات و اسناد و مدارك مثبته به موارد اختلافي برخوردند ، لوايح دفاعي خود را تهيه وتنظيم نمايند . براي انجام اين امر، نياز به اطلاع كامل از قانون ، آيين‌نامه‌ها، بخشنامه‌هاي صادره، از سوي سازمان امور مالياتي و آراي وحدت رويه شوراي عالي مالياتي است. با توجه به عدم تسلط اكثر موديان بر قوانين و مقررات مزبور، بهترين راه، استفاده از متخصصين در امور مالياتي و حقوقي و حسابداران رسمي است. اين اشخاص به لحاظ اشراف به قوانين و آيين‌نامه‌ها و بخشنامه‌ها و با بررسي مستندات مودي، مي‌توانند به بهترين نحو لوايح دفاعي را براي مودي تهيه و حتي در صورت لزوم به عنوان وكيل تام‌الاختيار وي در جلسات هيات حل اختلاف مالياتي شركت كنند.
حق بعدي موديان اعتراض نسبت به برگ تشخيص است که در صورتي كه تشخيص درآمد مشمول ماليات ، به روشي غير منطبق با قوانين و مقررات و يا عدم توجه به اسناد و مدارك مثبته ارائه شده از طرف مودي باشد، مودي ظرف ۳۰ روز از تاريخ ابلاغ ، شخصاً يا به وسيله وكيل تام‌الاختيار خود مي‌تواند با مراجعه به اداره امور مالياتي و ارائه مدارك و اسناد لازم، به‌طور كتبي تقاضاي رسيدگي مجدد كند.
حق مودي در انتخاب يك عضو هيات حل اختلاف از ديگر حقوق موديان مالياتي به شمار مي رود. با ارجاع پرونده به هيات حل اختلاف مالياتي و به موجب بند ۳ ماده ۲۴۴ قانون ماليات‌هاي مستقيم، مودي اين حق را دارد كه يكي از اعضاي هيات را به انتخاب خود از اتاق بازرگاني و صنايع و معادن جمهوري اسلامي يا اتاق تعاون يا جامعه حسابداران رسمي ايران يا مجامع حرفه‌اي يا تشكل‌هاي صنفي يا شوراي اسلامي شهر تعيين كند.
موديان مالياتي براي اينکه احقاق حق کنند ، لازم است از كليه حقوق خودکه در قوانين مالياتي وجود دارد ، آگاهي داشته باشند و بدانند كه نحوه عمل آنها در مواردي که احساس مي کنند حقوقشان تضعيف شده ، چگونه بايد باشد . بديهي است آشنايي موديان با حقوق قانوني خود و استفاده از آن به شرح فوق ، بويژه استفاده آنان از كارشناسان خبره در امور مالي و مالياتي و حقوقي، به منظور ارائه دفاع قانوني و مستدل، مي‌تواند منجر به اخذ نتايج مطلوب‌تر و عدم تضييع حقوق آنان در فرآيند اعتراض به برگ تشخيص ماليات و رسيدگي در هيات‌هاي حل اختلاف مالياتي شود .